Время действия - 2015 год. 15 лет назад, 13 сентября 2000 года произошло событие, получившее название второй удар. Да, да, я понимаю, 13 сентября уже прошло, а ледники ещё никто так и не растопил, но ведь, во-первых NGE снимался немного раньше, а во-вторых, альтернативная реальность и всё такое, сами понимаете. Итак, следствием второго удара стало массовое потепление в Антарктиде. Растаявшие ледники затопили приличную часть суши, поглотив собой многие города и даже страны.
Всемирной правящей структурой нового мира стала ООН. Именно ООН под влиянием некой таинственной организации SEELE финансирует проект Гендо Икари “NERV”, являющийся частью исследовательской группы GEHIRN. Непонятно, при помощи чего удалось убедить правительство в необходимости постройки столь дорогостоящего военного комплекса как Токио-3. Однако к 2005 году NERV оказывается готова к атаке ангела, более того, она также имеет прошедшее испытания оружие - боевые биомеханические машины серии евангелион («ЕВЫ»).